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Il existe deux fonds d'investissement créés avec le soutien du FSI, qui investissent uniquement dans des solutions efficaces labellisées.
Le premier fonds d'investissement, géré par Rothschild&Co (300 millions d'euros), a été créé en partenariat avec ALIAD, la filiale de capital-risque d'Air Liquide, et se concentrera sur les sociétés de capital-risque, de croissance et de rachat à un stade avancé, généralement à partir de la série C.
Le deuxième fonds, géré par BNP Paribas (150 millions d'euros), investira dans des sociétés de technologie à capital-risque, généralement autour de la série B.